Ainsi nommé en hommage au Commandant Jean-Baptiste Charcot (1867-1936), ce navire est destiné à des missions couvrant les domaines de l'océanographie physique (exploration de la colonne d'eau, des courants, etc.), de l'océanographie chimique et biologique (prélèvements et analyses d'échantillons d'eau, de matières vivantes, de sédiments ou de roches), de l'hydrographie hauturière et côtière (avec mise en oeuvre de vedettes hydrographiques), de la géologie (cartographie sous-marine et caractérisation du sous-sol)... Il peut intervenir dans tous les océans du monde sauf dans les régions polaires.
Doté de nombreux équipements scientifiques (sondeurs multifaisceaux, courantomètres Doppler, bathythermographe, célérimètre, gravimètre, thermosalinomètre, pénétrateur de sédiments large bande, etc.) et de locaux scientifiques spécialisés (plus de 950 m2 dont des hangars de stockage (325 m2) des matériels et des échantillons prélevés, une salle de conférence de 65 m2, des laboratoires couvrant 180 m2, une salle de traitement des données de 75 m2, etc.), il est équipé d'un réseau informatique sophistiqué. Il dispose par ailleurs d'apparaux de pont lui permettant la mise en œuvre alternativement de deux équipements lourds type Nautile, Victor 6000, pénétromètre Penfeld ou engin remorqué : portique arrière ALS de 22 t lui permettant d'opérer des engins habités ou non, treuil océanographique pour les opérations de carottage, dragage, traction d'engins remorqués ou déploiement au fond d'engins lourds, une poutre-grue latérale (15 t), etc. Nombreuses synergies avec le bâtiment hydrographique et océanographique BEAUTEMPS-BEAUPRE de la Marine Nationale.
A lire : Sur les traces de Jean-Baptiste Charcot.